決まった使い方はありませんので、ご自身の理解しやすいようにご利用下さい。（サイトの使い勝手は改善していきたいと思っています）
コンテンツは章立てに沿っていますが、必ずしも順番通りに進めていく必要はありません。興味のあるものから学習を始めて下さい。
以下に効率の良い学習方法を記します。
1. 学習したい内容を決めましょう
まずはじめに、今自分が理解を深めたい内容を決めましょう。「カテゴリー」が各章の内容とリンクしていますので、興味のあるものから入ると良いでしょう。
2. 導入テキストを読みましょう
コマンドラインのコンテンツでは動画を見ることができます。動画の前にコマンドの機能やオプションを理解する手助けとなるイントロダクションが書かれています。ここを読むと動画の内容を理解しやすくなります。
3. 動画を見ましょう
実際に動画を見ながら真似してコマンドを打って実行してみましょう。よくわからない時は動画を止めたり、戻したりしてみて下さい。
4. 資料をダウンロードしましょう
動画中では説明しきれない内容や、補足はPDFでダウンロードできます。下記URLにアクセスして補助資料を活用して下さい。
https://ssl.amulet.co.jp/cat-user-linux/downloads
5. 【発展】自分で環境を作ってコマンドを実行しましょう
自分でやってみて結果を確かめながら作業していくと、頭ではなく体で憶えていくことができます。ぜひローカルLinux環境を構築して、知識や体験を自分のものにしていって下さい！
ローカル開発環境の構築には、https://dotinstall.com の以下のコンテンツがわかりやすくておすすめです。
ローカル開発環境の構築 [macOS編] (全14回)
https://dotinstall.com/lessons/basic_localdev_mac_v2